Яков Фоминов в 1999 году окончил Московский физико-технический институт (МФТИ), защитив дипломную работу на кафедре «Проблемы теоретической физики» при Институте теоретической физики им. Л.Д. Ландау РАН (ИТФ им. Л.Д. Ландау РАН). После аспирантуры в ИТФ им. Л.Д. Ландау РАН в 2003 году защитил кандидатскую диссертацию на тему «Эффект близости и эффект Джозефсона в сверхпроводящих гибридных структурах» (научные руководители – М.В. Фейгельман и А.А. Голубов). Также в 2003 году защитил диссертацию «Proximity and Josephson effects in superconducting hybrid structures» на степень PhD в Университете Твенте (Нидерланды). С 2003 года работает в ИТФ им. Л.Д. Ландау РАН в секторе квантовой мезоскопики. Также является сотрудником лаборатории топологических квантовых явлений в сверхпроводящих системах МФТИ и международной лаборатория физики конденсированного состояния НИУ ВШЭ. С 2004 года преподаёт в МФТИ, с 2017 года – на факультете физики НИУ ВШЭ. В 2013 году получил учёное звание доцента по кафедре теоретической физики. Научные интересы связаны с мезоскопическими электронными системами, в частности, со сверхпроводимостью в неоднородных гибридных структурах, включающих в себя сверхпроводники и магнитные материалы.

доцент НИУ ВШЭ, Работает в ИТФ в секторе квантовой мезоскопики.